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京都大学環境安全保健機構環境管理部門は、環境保全と循環型社会に関する教育・研究、京都大学における廃液・廃棄物の管理・適正処理などの指導助言、全学の環境安全保健活動の推進支援を主たる目的としています。
京都大学排出水・廃棄物管理等規程には，「環境安全保健機構は，廃液の集中処理装置を共同利用に供し，かつ，必要に応じて京都大学において排出する排出水・廃棄物の管理等に関する指導助言を行う」ことが定められています。この廃液処理装置の共同利用は、環境安全保健機構環境管理部門が担当しています。