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研究室から出た無機廃液は、排出者責任の原則に基づき、各研究室の教官や学生が自分自身で小規模の処理装置（ミニプラント）で処理を行います。ミニプラント試験の対象となるのは、一般重金属系廃液のみです。
問題がない廃液であれば，本プラントで適切に処理され、排水基準を満足していることを確認した上で京都市の下水道に放流しています。排水基準を満足できない場合は，再び処理をし直す場合もあります。下水と一緒になった排水は鳥羽水環境保全センターを経て淀川へ放流されます。
無機廃液は以下のように分けて研究室で保管し，それを右欄の処理方法に示す方法で処理します。
| 廃液の種類 | 処理方法 |
|---|---|
| 水銀系 | キレート樹脂による吸着 |
| シアン系 | 次亜塩素酸ナトリウムとオゾン／紫外線による分解 |
| フッ素系 | CaCl2による沈殿生成 （石灰化法） |
| リン酸系 | CaCl2による沈殿生成 （石灰化法） |
| 一般重金属系 | フェライト法による除去 |
無機廃液の処理対象基準
- 処理の障害となる有機化合物を含まないもの。
- 沈殿，懸濁粒子，金属水銀を含まないもの。
- ベリリウム，セレン，タリウム，オスミウムの化合物を含まないもの。
- 危険物・猛毒物質（ニッケルカルボニル，アルキルアルミニウム等）を含まないもの。
- それ自身で，又は混合によって爆発又は発火するおそれのないもの。
- その他センター長が定めるもの。
無機廃液の貯留区分
| 廃液系別 | 貯留区分 | 注意点 | ポリ容器 |
|---|---|---|---|
| 水銀系 | 1.有機水銀 2.無機水銀 |
・金属水銀や固形のアマルガムを含まないこと ・有機水銀系では，特に塩化物の混入を避けること |
20L 灰色 |
| シアン系 | 3.シアン錯化合物 4.シアン化物 |
・常にアルカリ性に保ち，酸性廃液に混入しないこと ・可能な限り原点処理をすること |
20L 灰色 |
| リン酸系 | 5.リン酸系 | ・可能な限り重金属の混入を避けること | 20L 灰色 |
| フッ素系 | 6.フッ素 | ・可能な限り重金属の混入を避けること | 20L 灰色 |
| 一般重金属系 | 7.一般重金属 8.酸 9.アルカリ |
・ベリリウム，オスミウム，タリウム，その他健康障害を起こす金属の塩類を含まないこと ・有機物，リン酸，珪酸，アンモニアの混入は可能な限り避けること |
20L 青色 |